Ce qu'il faut savoir de la gestion des CPTS

26/02/2026

Ce qu'il faut savoir de la gestion des CPTS

La mise en place des communautés professionnelles territoriales de santé (CPTS) a marqué une étape fondamentale dans l'organisation du système de soin français. ces structures, créées par et pour les professionnels de santé, visent à décloisonner les pratiques et à répondre aux besoins spécifiques d'un territoire. cependant, l'enthousiasme lié au déploiement de nouveaux projets de santé ne doit pas occulter la complexité de la gestion administrative, juridique et financière de ces entités. le passage d'une simple coordination informelle à une structure gérant des budgets de plusieurs centaines de milliers d'euros impose aux dirigeants une rigueur exemplaire.

 

Les enjeux sont multiples : il s'agit non seulement de garantir la pérennité des financements publics, mais aussi de protéger la responsabilité des dirigeants et d'assurer une transparence totale vis-à-vis des membres adhérents. entre le respect des statuts associatifs et les exigences du code de commerce, la frontière est souvent ténue pour des professionnels de santé dont la gestion n'est pas le métier premier. vous découvrirez dans cet article les clés pour sécuriser votre gouvernance et optimiser votre pilotage financier.

 

A travers ce guide détaillé, nous aborderons les fondements juridiques de la cpts, les seuils critiques déclenchant des obligations de contrôle, les règles strictes entourant les rémunérations et l'importance stratégique du commissaire aux comptes. cette lecture vous permettra de transformer vos obligations réglementaires en véritables leviers de performance pour votre projet territorial de santé.

1. Cadre juridique des CPTS et gouvernance

 

Les CPTS trouvent leur fondement légal dans le code de la santé publique, plus précisément aux articles l.1434-12 et suivants. leur mission est clairement définie par le législateur : organiser l'offre de soins de manière coordonnée pour répondre aux objectifs du projet régional de santé élaboré par les agences régionales de santé (ars). si l'objectif premier est médical et organisationnel, la forme juridique choisie pour porter ces missions est cruciale pour la sécurité des administrateurs.

 

Dans la pratique, la quasi-totalité des CPTS adopte la forme d'une association loi 1901. ce choix n'est pas anodin : il permet de regrouper une grande variété d'acteurs, allant des professionnels de santé libéraux aux établissements médico-sociaux, tout en facilitant la perception de fonds publics. l'association offre une souplesse de gestion indispensable pour s'adapter aux particularités d'un territoire donné, tout en imposant un cadre démocratique transparent.

 

Toutefois, une gouvernance saine repose sur une formalisation rigoureuse. chaque CPTS doit se doter de statuts robustes et d'un règlement intérieur précis. ces documents doivent définir sans ambiguïté la composition du conseil d'administration, les modalités de vote, et surtout l'équilibre entre les différents collèges de professionnels. la délégation de pouvoirs vers le bureau ou le coordinateur doit être dûment actée pour éviter tout risque de gestion de fait ou de décision unilatérale contestable par les membres ou les financeurs publics.

 

2. Associations, code de commerce et seuil de 153 000 €

 

Si le statut associatif apporte de la souplesse, il n'exonère pas la CPTS de certaines obligations issues du code de commerce, particulièrement lorsque la structure prend de l'ampleur. un seuil critique doit être connu de tous les dirigeants de CPTS : celui des 153 000 euros de subventions publiques par an. l'article l.612-4 du code de commerce est à ce titre extrêmement précis et contraignant.

 

Dès lors que le montant total des financements publics (incluant les aides conventionnelles individuelles ou aci versées par l'assurance maladie et les fonds d'intervention régionaux ou FIR versés par l'ARS) dépasse ce seuil, l'association est soumise à une triple obligation. elle doit d'abord tenir une comptabilité conforme au plan comptable des associations. ensuite, elle a l'obligation légale de nommer au moins un commissaire aux comptes titulaire et un suppléant. enfin, elle doit assurer la publicité de ses comptes annuels.

 

Le franchissement de ce seuil n'est plus une exception pour les CPTS. avec l'augmentation des missions de santé publique et la généralisation des aci, la majorité des structures atteignent rapidement ce niveau de ressources. il est donc impératif d'anticiper cette nomination pour intégrer le coût de l'audit dans le budget prévisionnel et pour s'assurer que les systèmes d'information comptable sont prêts à répondre aux exigences de la certification. le défaut de nomination d'un commissaire aux comptes, alors que les seuils sont atteints, peut engager la responsabilité civile et pénale des dirigeants.

 

3. Rémunération des intervenants et des dirigeants

 

La question de la rémunération est souvent un sujet délicat au sein des CPTS. les professionnels de santé qui consacrent du temps au projet territorial doivent pouvoir être indemnisés pour leur perte de temps médical. à cet égard, il convient de distinguer clairement les vacations liées à des missions de terrain (actions de prévention, soins non programmés) et les indemnités liées à l'exercice de fonctions de direction (présidence, trésorerie).

 

Pour ce qui est des dirigeants, le principe de base de l'association loi 1901 reste le bénévolat. cependant, une tolérance administrative permet de verser une rémunération tant que celle-ci reste inférieure aux trois quarts du smic brut mensuel par dirigeant. tant que ce plafond est respecté, le caractère désintéressé de la gestion de l'association n'est pas remis en cause par l'administration fiscale, ce qui préserve l'exonération d'impôts commerciaux (is, tva, cfe).

 

Si la rémunération dépasse ce seuil, la structure bascule dans un régime légal plus strict qui impose des conditions de ressources financières importantes et un contrôle renforcé. dans tous les cas, toute forme d'indemnisation doit être expressément prévue par les statuts et votée en assemblée générale. la traçabilité des temps passés et la production de feuilles d'émargement ou de rapports d'activité sont indispensables. un manque de rigueur sur ce point expose la CPTS à des redressements urssaf ou à une requalification fiscale lourde de conséquences pour le budget de la structure.

 

4. Comptabilité analytique, suivi des fonds et transparence

 

Le pilotage d'une CPTS nécessite une vision claire de l'utilisation de chaque euro. les financements sont souvent fléchés par les autorités de santé vers des missions précises : accès aux soins, parcours de santé, prévention, ou encore gestion de crise. il est donc vivement recommandé, voire indispensable pour les structures importantes, de mettre en place une comptabilité analytique.

 

Cet outil permet d'isoler les dépenses et les recettes par projet. par exemple, une CPTS doit être capable de justifier précisément combien elle a dépensé pour son action sur le diabète par rapport aux fonds reçus spécifiquement pour cette mission. une telle transparence est le meilleur gage de crédibilité face à l'assurance maladie lors des dialogues de gestion annuels. le suivi budgétaire doit être régulier et présenté systématiquement lors des conseils d'administration, permettant ainsi aux élus de prendre des décisions éclairées sur l'allocation des ressources.

en complément de la comptabilité, la documentation des engagements est essentielle. chaque contrat signé, chaque convention de partenariat et chaque facture doivent être archivés selon une méthode rigoureuse. la transparence vis-à-vis des membres adhérents passe également par la mise à disposition de ces informations lors de l'assemblée générale annuelle. une communication pédagogique autour des chiffres permet de fédérer les professionnels de santé autour du projet et de désamorcer d'éventuels conflits liés à l'usage des fonds collectifs.

 

5. Respect des statuts et rôle du commissaire aux comptes

 

La vie statutaire d'une CPTS ne doit pas être perçue comme une contrainte bureaucratique, mais comme une protection juridique. le respect des délais de convocation, la tenue des procès-verbaux de réunion et la signature des registres sont des éléments que le commissaire aux comptes vérifie lors de sa mission. ces éléments prouvent la réalité du fonctionnement démocratique et la validité des décisions prises par les instances dirigeantes.

 

Le commissaire aux comptes intervient comme un tiers indépendant. sa mission de certification des comptes consiste à attester que les états financiers sont réguliers, sincères et donnent une image fidèle du patrimoine et de la situation financière de l'association. au-delà de sa signature, il apporte une sécurisation globale : il vérifie la conformité des rémunérations, examine les conventions réglementées (contrats passés entre l'association et l'un de ses dirigeants) et alerte en cas de risques identifiés pour la continuité de l'exploitation.

 

Pour les dirigeants, le commissaire aux comptes est un partenaire stratégique. son regard externe permet d'identifier des faiblesses dans les procédures de contrôle interne et de proposer des axes d'amélioration. en certifiant les comptes, il donne un signal fort de confiance aux partenaires institutionnels (ars, conseils départementaux, assurance maladie), ce qui facilite la négociation de nouveaux financements ou le renouvellement des accords conventionnels territoriaux.

 

Conclusion

 

La gestion d'une CPTS exige une double compétence : une vision territoriale de la santé et une maîtrise rigoureuse des cadres administratifs et financiers. en structurant une gouvernance transparente, en respectant les seuils légaux du code de commerce et en s'appuyant sur l'expertise d'un commissaire aux comptes, les dirigeants sécurisent leur action et celle de leurs collaborateurs.

 

La réussite d'un projet de santé territorial ne se mesure pas seulement à la qualité des soins prodigués, mais aussi à la robustesse de l'institution qui les porte. l'anticipation des obligations comptables et fiscales est le meilleur moyen de se concentrer sur l'essentiel : l'innovation organisationnelle au service des patients. n'hésitez pas à solliciter un audit pour valider vos procédures et garantir un avenir serein à votre communauté professionnelle.

 

Article rédigé par :

S.Khadiri

Commissaire Aux Comptes spécialisé dans l'audit des CPTS

www.khadiri.com